Pondok pesantren ini bernama Asrama Pendidikan Islam Al Masykur yang kemudian disingkat PP. A.P.I. Al Masykur.
Pondok pesantren didirikan oleh KH. Dalail Syarqowi pada tahun 1933 berupa pondok desa. Menginjak tahun 1951 kepemimpinan pondok dilanjutkan oleh KH. Dimyati. Nama pondok beralih nama menjadi Pondok Pesantren API Al Masykur tepat pada tahun 1970.
Saat ini, pondok berada dibawah naungan Yayasan Afif Elmaftuhiyyah Dimyati dengan diasuh oleh KH. Achmad Afif Dimyati.
Pondok pesantren unggul dan terdepan berbasis pada keimanan, ketaqwaan, amalibil ‘ilmi, bil ‘amal dan akhlaqul karimah serta mengikuti perkembangan zaman untuk umat, agama, negara, kemanusiaan, dan peradaban.
Terdapat dua program pendidikan utama yang menjadi rutinitas di lingkungan pondok, yaitu kegiatan wajib dan kegiatan ekstra untuk pondok salaf serta pendidikan wajib dan kegiatan ekstra untuk pondok mahasiswa.