Berawal dari sebuah tempat untuk menuntut ilmu agama Islam dilingkungan masyarakat. Berangkat dari sana Pondok Pesantren A.P.I Al-Masykur memulai kegiatan keislaman pada tahun 1933. Terus berkembang seiring dengan semakin banyak yang berguru, pada tahun 1970 mulailah dibuatkan administrasi secara legal atau ijin operasional dari pemerintahan sebagai Pondok Pesantren A.P.I Al-Masykur. Berhubung Romo K.H Afif Dimyati memimpin sendiri sehingga waktu itu manajemen operasional pondok masih belum terlalu memadai. Hingga kepemimpinan Pondok Pesantren A.P.I Al-Masykur diberikan kepada putra-putri beliau pada tahun 2016. Sejak saat itu administrasi mulai diperbaiki dan sistem dibenahi. Tahun 2019,Pondok Pesantren A.P.I Al-Masykur terdaftar sebagai lembaga pendidikan melalui kementerian hukum dan hak asasi manusia. (Redaksi)